万福生科的前身为成立于2003年的湖南省桃源县湘鲁万福有限责任公司。2006年3月，公司更名为湖南湘鲁万福农业开发有限公司。2009年10月，公司整体变更设立万福生科（湖南）农业开发股份有限公司，注册资本为5000万元，法定代表人为龚永福。公司主要从事稻米精深加工系列产品的研发、生产和销售，主要生产大米淀粉糖、大米蛋白粉、米糠油和食用米等系列产品。万福生科于2011年7月19日通过证监会发审委审核，并于当年9月27日在深圳证券交易所（以下简称深交所）创业板挂牌上市，证券代码：300268，保荐机构为平安证券有限责任公司（以下简称“平安证券”）。截至2013年5月10日，万福生科股本总数为134000,000股，董事长龚永福与其妻子杨荣华并列为第一大股东，为公司实际控制人。龚永福和其妻杨荣华各持股4019万股，合计占公司总股本的59.98%。
2012年8月，湖南证监局对上市不满一年的万福生科进行例行现场检查,发现万福生科存在三套账本：税务账、银行账及一套公司管理层查阅的实际收支的业务往来账，万福生科造假问题由此浮现。2012年9月，湖南证监局将现场检查发现的线索上报证监会，证监会决定对万福生科立案调查。随后，证监会抽调稽查总队人员赴湖南常德进行全面调查。在证监会调查期间，2013年3月2日，万福生科披露了自查公告——《关于重大披露及股票复牌公告》，称公司经过自查，2008年至2011年累计虚增收入7.4亿元左右，虚增营业利润1.8亿元左右，虚增净利润1.6亿元左右，其中2011年虚增营业收入2.8亿元，虚增营业利润6,541.36万元，虚增归属上市公司股东净利润5,912.69万元。2013年4月，证监会对万福生科的现场调查工作基本结束。
经查，证监会最终认定万福生科存在以下违法事实：
（1）万福生科《首次公开发行股票并在创业板上市招股说明书》披露的2008年至2010年财务数据存在虚假记载,公司不符合公开发行股票的条件。万福生科公告的《首次公开发行股票并在创业板上市招股说明书》披露,2008年、2009年、2010年的营业收入分别为22,824万元、32,765万元、43,359万元,营业利润分别为3,265万元、4,200万元、5,343万元,净利润分别为2,566万元、3,956万元、5,555万元。万福生科为了达到公开发行股票并上市条件,由董事长兼总经理决策,并经财务总监覃学军安排人员执行,2008年至2010年分别虚增销售收入12,262万元、14,966万元、19,074万元,虚增营业利润2,851万元、3,857万元、4,590万元。虚增收入、营业利润比例分别约47%、88%。扣除上述虚增营业利润后,万福生科2008年至2010年扣除非经常性损益的净利润分别为-332万元、-71万元、383万元。
（2）万福生科《2011年年度报告》存在虚假记载。万福生科2012年4月16日公告《2011年年度报告》,披露公司2011年营业收入为55,324万元。经查,万福生科2011年虚增销售收入28,681万元。
（3）万福生科未就公司2012年上半年停产事项履行及时报告、公告义务。2012年初,万福生科下属糖厂、米厂和油厂停产,其糖品、大米等主营产品生产陷入停顿。对主营业务处于停顿状态的事实,万福生科未依法履行及时报告、公告义务。
（4）万福生科《2012年半年度报告》存在虚假记载和重大遗漏。万福生科2012年8月23日公告《2012年半年度报告》,披露公司上半年营业收入为26,991万元。经查,万福生科2012年上半年虚增销售收入16,549万元。同时对于前述公司部分生产线2012年上半年停产的事项,万福生科也未在《2012年半年度报告》中予以披露,存在重大遗漏。
2013年5月10日，证监会公布了对万福生科造假案作出的处罚事先告知书。根据《证券法》等相关法律法规的规定，责令万福生科改正违法行为、给予警告并处以30万元罚款；对龚永福给予警告并处以30万元罚款。同时，对严平贵等其他19名高管给予警告并处以5万元至25万元罚款。此外，对龚永福、覃学军采取终身证券市场禁入措施。龚永福、覃学军欺诈发行及虚假记载行为涉嫌犯罪，被移送公安机关追究刑事责任。
万福生科发行上市过程中保荐机构平安证券、审计机构中磊会计师事务所及湖南博鳌律师事务所等三家中介机构及相关责任人员，因涉嫌未勤勉尽责出具的相关材料存在虚假记载，分别被立案调查。经查，平安证券在推荐万福生科IPO过程中，未能勤勉尽责地履行法定职责，出具的保荐书存在虚假记载。根据当事人违法行为的事实、性质、情节与社会危害程度，依据《证券法》规定，责令平安证券改正违法行为，给予警告，没收业务收入2555万元，并处以5110万元罚款，暂停保荐业务许可3个月;对时任平安证券万福生科项目保荐代表人吴文浩和何涛、时任平安证券总经理薛荣年、时任平安证券总经理助理曾年生、时任平安证券投资银行事业部上海业务负责人崔岭给予警告，并分别处以30万元罚款，撤销证券从业资格;对平安证券万福生科项目组成员汤德智给予警告，并处以10万元罚款，撤销证券从业资格。此外，对中磊会计师事务所没收业务收入138万元，并处以2倍的罚款，撤销其证券服务业务许可；对湖南博鳌律师事务所没收业务收入70万元，并处以2倍的罚款，且12个月内不接受其出具的证券发行专项文件。同时，证监会对两家机构的涉案人员依法进行处罚。
2013年10月22日，证监会向万福生科下发《行政处罚决定书》[（2013）47号]。